يقع على بعد حوالي 15 كيلومترًا شمال مستطونة "متسبيه رامون". تأسس عام 1980 بهدف احتجاز السجناء الأمنيين الخطرين وعزلهم عن المراكز السكانية،  في البداية تم إنشاء قسمين في السجن. وفي عام 1987، ومع زيادة عدد السجناء، تم بناء أقسام جديدة إضافية. أثناء عملية البناء، في 21 سبتمبر 1987، هرب ثلاثة من نفحة ثلاثة أسرى وهم: خليل مسعود الراعي من حيّ الزيتون بغزة، وشوقي أبو نصيرة، وكمال عبد النبي، لكن أعيد اعتقالهم بعد 8 أيام وهم في طريقهم إلى معبر رفح على الحدود مع مصر، وكانوا تحت كومة من القش في شاحنة نقلتهم نحو الحدود مع مصر. في حزيران/يونيو 2002 تفنن السجانون في إيذاء وإهانة قريبة أحد الأسرى من قطاع غزة لحظة تفتيشها، فاتخذ الأسرى قرار بهدر دم من سولت له نفسه الاعتداء على أهالي الأسرى، لبى النداء الأسير هاني جابر من الخليل فقام بطعن مدير السجن وإصابته إصابة خطيرة كادت تودي بحياته، وكذلك تمكن من طعن ضابط وسجان آخر رغم القيود التي كانت في يده.

استشهد عدد من الأسرى داخل سجن نفحة، من ضمنهم الأسيرين راسم حلاوة وعلي شحادة إبان الإضراب عن الطعام ١٩٨٠، كما واستشهد بداخله الأسير خالد الشاويش في شباط ٢٠٢٤ بسبب سياسة الإهمال الطبي الممنهجة والهجمة المستمرة على الأسرى.