أفتتح سجن النقب (سابقاً أنصار ٣) في آذار ١٩٨٨ بسبب عجز السجون الإسرائيلية عن استيعاب مئات الأسرى الفلسطينيين الذين كان يجري اعتقالهم يومياً مع اندلاع الانتفاضة الأولى، وكان وقتئذ تحت إشراف الشرطة العسكرية، وأغلق لفترة وجيزة في العام ١٩٩٦ بعد توقيع اتفاقيات أوسلو وإطلاق سراح عدد من الأسرى الفلسطينيين. أفتتح السجن مرة أخرى في العام ٢٠٠٢ لاستيعاب الأعداد المتصاعدة من المعتقلين الفلسطينيين. وفي عام 2006 تم نقله إلى مسؤولية مصلحة السجون (الشاباص)، يقع السجن شمال غرب النقب، بالقرب من الحدود مع مصر، وتبلغ مساحته حوالي 400 ألف متر مربع، بجوار قاعدة تدريب جفعات و سجني سهارونيم والحولا، ينقسم السجن إلى ثلاثة مجمعات سجون A وBوC، ويحتوي على 28 قسماً، ويعتبر سجن النقب أكبر سجن تابع للشاباص، ويوجد به قسم لسجناء العمل الجنائي الذين يقومون بصيانة السجن ويعملون في وظائف مختلفة مثل: المطبخ، التنظيف، وغيرها.

استشهد عدد من الأسرى الفلسطينيين داخل هذا السجن، من ضمنهم الأسير ثائر أبو عصب والذي استشهد بفعل التعذيب والضرب المبرح داخل سجن النقب